土地使用权出让合同本身是有效还是无效的问题，不仅是常常引发争议，为此形成纠纷和诉讼，而且合同效力的争议往往也是引发出让合同履行方面纠纷的诱因。一个程序规范、内容合法的土地使用权出让合同，不仅可以得到法律上的承认，而且其履行也能得到法律的保障，从而有效地避免合同当事人的毁约和违约行为，使合同得到顺利地履行。一些效力存在争议的出让合同，往往是出让程序和合同内容存在瑕疵，由此导致合同履行的困难。比如因未履行土地出让的前置审批手续，而使后续的规划、建设手续无法办理，导致工程无法开发建设。同时，程序和内容上的瑕疵，也给了当事人违约的理由和机会，当一方因自身的原因或无力履约时，往往通过找出合同程序和内容上的违法之外，请求确认出让合同无效，从而摆脱自己应当承担的违约责任。此时，出让合同的效力就成为纠纷的焦点。
按照《司法解释》的规定，常见的无效合同或部分无效合同的情形主要有两种：(1)因土地使用权出让合同出让主体不符合法律规定而无效。按照法律规定，土地使用权出让合同的出让方主体只能是市、县人民政府土地管理部门，如果在2005年8月1日以后仍以各类开发区管理委员会的名义签订国有土地使用权出让合同，就应当被认定为无效，而此前以开发区管理委员会名义签订的国有土地使用权出让合同在，如果在起诉前没有得到政府土地管理部门的追认，也会被认定为无效合同。(2)经市、县人民政府同意以协议方式出让的土地使用权，土地使用权出让金低于订立合同时当地政府按照国家规定确定的最低价的，则该价格条款可被认定无效。需要指出的是《司法解释》所列的两种无效情形仅此两种别无其他。如果有证据表明土地使用权出让合同的签订或其内容有《合同法》第52条规定的五种情形之一，即“(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;(三)以合法形式掩盖非法目的;(四)损害社会公共利益;(五)违反法律、行政法规的强制性规定。”此时，仍可以确认土地使用权出让合同无效。另外，合同标的本身不合法也可以导致合同无效。比如在实践中经常发生的将未办妥土地征用或农转用手续的集体土地非法无效。比如在实践中经常发生的将未办妥土地征用或农转用手续的集体土地非法出让，其土地使用权出让合同，就会因为出让标的不符合法律规定而被认定无效。
另外应该注意的是，按照有关法律和以往的司法审判实践，以前因未办理出让批准手续而多被认定为无效的土地使用权出让合同，按现在《司法解释》的规定，则不被认定为无效合同，而是在因未办理批准手续而不能交付土地时，赋予受让方合同解除权。
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